Tras la conquista cristiana de Albaida se levantó una primera iglesia sobre el antiguo núcleo medieval. Con el crecimiento de la población, aquel edificio resultó insuficiente y a finales del siglo XVI comenzó la construcción del templo actual.

Las obras se prolongaron durante casi treinta años y dieron lugar a una iglesia de grandes dimensiones que, desde entonces, ha sido el principal centro religioso de la ciudad. A lo largo de su historia ha sufrido diversas restauraciones, especialmente después de los daños ocasionados durante la Guerra Civil.

Desde entonces, el museo ha ido ampliando su colección hasta convertirse en uno de los espacios culturales más singulares de la Comunitat Valenciana, con cientos de piezas que muestran la enorme diversidad de técnicas, estilos y tradiciones del teatro de marionetas.